У квітні 2000 року Георгій заснував інтернет-видання “Українська правда”, а вже через пів року, у вересні, його викрали. Його тіло було знайдене 2 листопада в Таращанському лісі, за 70 км від Києва. Лише в лютому 2001 року Генеральна прокуратура офіційно підтвердила його смерть і розпочала розслідування за статтею “навмисне вбивство”.
У 2009-му, були виявлені останки черепа Гонгадзе, але його мати, Леся Гонгадзе, відмовилася вірити, що це рештки її сина, і не організувала похорони. Леся Гонгадзе померла у 2013 році, а Георгія поховали 22 березня 2016 року.
15 березня 2008 року Апеляційний суд Києва визнав трьох колишніх працівників Департаменту зовнішнього спостереження МВС України винними у вбивстві Гонгадзе, засудивши їх до 12-13 років позбавлення волі.
У січні 2013 року до довічного ув’язнення був засуджений ексначальник департаменту Олексій Пукач.
Замовники вбивства досі не знайдені. Генпрокурор Юрій Луценко зазначив, що хоча доказів безпосереднього наказу Кучми немає, його дії могли сприяти вбивству журналіста.
У 2018 році донька Георгія Гонгадзе, Соломія, потрапила до топ-100 найкращих студенток університетів Британії.
У 2019 році в Україні започаткували журналістську премію імені Гонгадзе. Нагородження за інноваційність, відданість цінностям та стандартам незалежної журналістики відбуватиметься щороку 21 травня – у день народження Гії. Першим лауреатом премії став Вахтанг Кіпіані, головний редактор “Історичної правди” та друг Георгія Гонгадзе.